Su constitución como comunidad urbana independiente se produjo a raíz de la decisión tomada por el rey Luis XIV y data del año 1654, en un momento en el que la villa no era más que un barrio de la localidad francesa de Urrugne. Hendaya basó su riqueza en la actividad pesquera y más concretamente en la pesca de la ballena, fortuna y gloria de la villa.

Entre los siglos XVI y XVIII las poblaciones de Hondarribia, Irún y Hendaya estuvieron continuamente en estado de guerra por discrepancias en el tratado de pesca en el Bidasoa y en la titularidad del río fronterizo. La Convención de Octubre en el siglo XVIII trajo la esperada paz a estos territorios. En 1793 Hendaya fue totalmente destruída. Un siglo más tarde el ferrocarril supuso el empujón definitivo al desarrollo económico y social de la villa, motor de la expansión. Durante el siglo XX destacó por la producción del famoso licor “agua de la vida”, la fabricación de botas de vino y la manufactura de armas. Sin embargo, la industria más famosa fue la que realizó las famosas boinas vascas o Txapelas exportadas a Francia y muy apreciadas incluso en América Latina. Otra industria floreciente fue la alpargatera cuya producción es exportada a Estados Unidos, Inglaterra e Italia.

En Hendaya sobresale su magnífico Castillo de Abbadia que está rodeado de un magnífico entorno natural que se asoma sobre el mar y las rocas gemelas “les Jumeaux”. Antoine d’Abbadia compró una extensión de tierra de más de 340 hectáreas con la intención de levantar un castillo. Las casas solariegas de Zubernoa e Irandatz eran las más antiguas de la villa pues algunos documentos ya las citan en pleno siglo XII. Es un castillo moderno diseñado como una fortaleza medieval con carácter defensivo frente a una función palaciega y señorial. El arquitecto de tan magna obra fue el frances Viollet-le-Duc, a finales del siglo XIX. El castillo tiene capilla, observatorio astronómico e imprenta. Actualmente pertenece a la Academia de Ciencias de Francia.